В ФГБНУ НЦПЗ проводится образовательная деятельность по подготовке молодых врачей и научно-педагогических кадров. В его стенах прошли обучение около 500 аспирантов и ординаторов, а также стажеров из различных регионов России и зарубежных стран. Научно-педагогическими работниками Центра являются ведущие клиницисты, руководители и сотрудники Отделов юношеской психиатрии, детской психиатрии, гериатрической психиатрии, эндогенных психических расстройств и аффективных состояний. В Центре работает Совет молодых ученых, создан отдел по подготовке специалистов в области психиатрии (отдел ординатуры и аспирантуры). Под руководством научно-педагогических работников регулярно проводятся ординаторские конференции с клиническими разборами больных. В рамках образовательной деятельности проходят лекции о новейших достижениях в биологической психиатрии, нейроиммунологии, молекулярной генетике, нейрофизиологии, психофармакологии, организации психиатрической помощи и др. Ежегодно в ФГБНУ НЦПЗ проводятся научные конференции молодых ученых, посвященные памяти А.В. Снежневского. В последние годы возрождается традиция организации и проведения ежегодных школ молодых психиатров из разных регионов России по обсуждению и изучению актуальных проблем современной психиатрии (Кострома, Суздаль). На базе Центра создано и работает научно-учебное объединение с Первым московским медицинским университетом им. И.М. Сеченова, в структуре которого образована кафедра психиатрии и психосоматики факультета послевузовского профессионального образования (зав. - А.Б. Смулевич) с функцией подготовки специалистов в области психосоматических психических расстройств.