Музей истории ФГБНУ НЦПЗ был создан по решению Ученого совета Центра в 2004 году, когда отмечалось 60-летие со времени его создания как института психиатрии АМН СССР.
Организация музея была поручена профессору, доктору медицинских наук  Д.Д.Орловской, которая стала его научным консультантом. 
В основу тематико-экспозиционного плана музея была положена периодизация деятельности центра: 1944-1961 гг. (период становления  и развития в направлении многопроблемности в том числе в составе учреждений Министерства здравоохранения СССР в 1948  по 1959 гг.).; 1962-1982 гг. (реорганизация института под руководством академика АМН СССР А.В.Снежневского как монопроблемного учреждения АМН СССР); с 1982 по настоящее время (организация и функционирование как Научного центра психического здоровья АМН СССР (и РАМН в  дальнейшем).
Работа центра в указанные периоды представлена в музей в разных формах экспозиции: в виде большой портретной галереи крупнейших деятелей отечественной психиатрии у ученых центра, дополненной фотоальбомами сотрудников с информацией об их деятельности, сведениями всех проведенных научных мероприятий, схемами трансформации структуры центра и др. Кроме того фотодокументы, отражающие историю центра систематизированы в тематических альбомах (В.А.Гиляровский, А.В.Снежневский, международная деятельность, Суздальские школы, Костромская школа,  симпозиумы, 60 лет НЦПЗ, Сибирский филиал и др.).
Музей размещен в помещении, организующим элементом которого является мемориальный кабинет первого директора Института психиатрии АМН СССР В.А.Гиляровского. Здесь же расположены некоторые личные вещи А.В.Снежневского и М.Е.Вартаняна, их дипломы, награды, книги и др.
Текущая работа сотрудников музея состоит в расширении экспозиции, создании  новых тематических стендов, альбомов, отражающих историю отдельных подразделений центра, обеспечении справочным историческим материалом в других психиатрических учреждений. Важным разделом работ является ежегодное чтение лекции по истории ФГБНУ НЦПЗ для новых сотрудников (аспирантов, ординаторов и др.), а также фото-документация текущих научных и общественных  событий, происходящих в центре.

Виртуальный тур по музею НЦПЗ